Jest autorem ponad 200 partytur do sztuk teatralnych i filmów. Współpracował z większością teatrów w Polsce i wieloma prestiżowymi scenami w Europie. Debiutował w krakowskim Teatrze STU muzyką do spektaklu “Pacjenci” wg “Mistrza i Małgorzaty” Bułhakowa. W 1979 roku skomponował muzykę do spektaklu “De Blijde Intrede van Christus in Brussel” wystawionego w Królewskim Teatrze Flamandzkim w Brukseli z okazji 1000-lecia miasta Brukseli.
Od 1984 do 1990 roku był kierownikiem muzycznym warszawskiego Teatru Ateneum.
W 1991 roku skomponował muzykę do swojego pierwszego musicalu ,,METRO’’ . Muzyka do musicalu była nominowana do broadwayowskiej Tony Award. Do tej pory wystawiono prawie 1800 spektakli musicalu „Metro”.
Jest pionierem polskiego musicalu: ,,Piotruś Pan’’ lib. Jeremi Przybora (2000 r), ,,Romeo i Julia” wg Shakespeare’a (2004 r.), ,,Panna Tutli Putli’’ Witkacego (2004 r.), "Polita" lib. Agata Miklaszewska (2010).
W 2003 r. film ,,Nicolas Winton – The Power of Good” z muzyką J. Stokłosy, otrzymał Emmy Award.
Od 1990 do 2005 roku Janusz Stokłosa komponował muzykę dla czołowych niemieckojęzycznych teatrów m.in.: Deutsches Theater, Schaubühne, Volksbühne, Berliner Ensemble czy Burgtheater w Wiedniu i Schauspielhaus w Zurichu.
W 2010 wraz z córką Marią (choreograf i reżyser) stworzyli projekt pod nazwą ,,Let’s dance Chopin” – Sonatę na ork. symfoniczną, kwintet jazzowy i 12 tancerzy na motywach Sonaty h-moll op. 58 F. Chopina. Premiera miała miejsce 18 maja 2010 roku w Szanghaju i inaugurowała Polski Dzień na EXPO 2010.
Jako dyrygent i dyr. artystyczny od 2006 r prowadzi uroczyste koncerty Bożonarodzeniowe w katedrze Cystersów w Pelplinie, w których udział biorą najwybitniejsze gwiazdy polskiej opery i estrady.
W 1992 roku powołał Studio Buffo Sp. z o.o. - pierwszy w Polsce prywatny teatr i Wydawnictwa Muzyczne i Nutowe Stokłosa Editions.*